Program Studi (Prodi) Pendidikan Matematika UIN Sunan Kalijaga Yogykarta secara resmi berdiri pertama kali pada tanggal 29 Maret 1999 dengan nama Tadris Matematika. Prodi ini menjadi bagian dari Jurusan Kependidikan Islam Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Pendirian Prodi Tadris Matematika didasarkan pada SK nomor E/58/1999.

Pada tahun 2004, IAIN Sunan Kalijaga berkembang dan berganti menjadi UIN Sunan Kalijaga. Dua tahun setelah pergantian tersebut, Prodi Pendidikan Matematika berpindah menjadi bagian dari Fakultas Sains dan Teknologi. Pada awal kepindahanya hingga tahun 2011, Ketua Program Studi Pendidikan Matematika membawahi dua program studi, yaitu Pendidikan Matematika dan Matematika. Pada tahun 2012, dengan pertimbangan keefektifan dan pengembangan program studi, maka setiap Prodi memiliki Kaprodinya masing-masing.

Setelah 14 tahun menjadi bagian Fakultas Sains dan Teknologi, di tahun 2020 Prodi Pendidikan Matematika beserta Prodi MIPA yang lain berpindah kembali menjadi bagian dari Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan. Dengan perpindahan ini semoga menjadi bagian dari upaya untuk mengembangkan Prodi Pendidikan Matematika untuk lebih berkembang ke arah yang lebih baik.