Prodi Pendidikan Matematika Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan, UIN Sunan Kalijaga menjalin kerjasama dengan Prodi S1 dan S2 Pendidikan Matematika FMIPA Universitas Negeri Surabaya. Salah satu bentuk kegiatan kerjasama diwujudkan dalam kegiatan diskusi pengembangan prodi yang meliputi implementasi MBKM (Merdeka Belajar Kampus Merdeka), studi pengembangan laboratorium alat peraga matematika, studi pengembangan laboratorium multimedia, dan diskusi keterkaitan antara kurikulum prodi S1 dan S2 Pendidikan Matematika.